こういうときにまず言われるのが、抗生物質といってもセフェム系、ペニシリン系など、いろいろな種類があり、全てを同様に語ることはできないということです。
また、妊婦の服薬については、投薬の利益が、奇形児・障害児・流産・死産などの妊娠トラブルへのリスクを上回るのかということです。上回ると判断された場合にのみ、新潮に投与されます。
以下は、私が調べたページです。
妊娠中の抗生物質の安全性と毒性
http://www.10et.com/ws/ws-822j.html
妊娠初期のレントゲン、抗生剤服用
http://www2.ha-channel-88.com/soudann/soudann-00039532.html
[妊娠] 妊娠初期の抗生剤
http://pregnancy.askdoctors.jp/qa/pregnancy-and-birthing/pregnancy/t1543541.do
妊婦に抗生物質・抗菌薬を投与する際の留意点
http://www5b.biglobe.ne.jp/~yakugaku/pregnant%20woman2.html
幸い、抗生物質は内服薬に関しては医師の処方が必要です。妊娠中であることを告げて診察を受け、処方された場合については、それほど心配することはないでしょう。